《管理办法》规定，在地下水一般超采区，应当控制地下水取水许可，限制取水总量。在地下水限制开采区，一般不得新增地下水取水许可;因当地经济社会发展需要，确需取用地下水的，由省人民政府水行政主管部门统筹安排，通过按比例核减其所在县(市、区)其他地下水取水单位的取水许可量，进行合理配置。
此外，在审批权限上，《管理办法》规定，“取用地下水的，由省人民政府取水审批机关负责审批。”在取水许可证有效期限上，《管理办法》规定，有效期限最长不超过5年。在地下水一般超采区、限制开采区取用地下水的，有效期限不超过3年。有效期届满，取水许可证自行失效;需要延续的，取水单位或者个人应当在有效期限届满45日前向有审批权的取水审批机关提出申请。
