东线公司根据管理和发展的需要按照精简、统一、效能和权责一致的原则，建立精干高效、职责明确的内部管理机构，设立11个职能部门，下设若干分公司、子公司。
东线公司负责南水北调东线主体工程运行管理，包含执行供水计划、合同、调度、运行等多项重要任务，承担工程新增国有资产的综合经营、保值增值责任；经营宗旨是按照国家批准的水量调度方案及有关规定，以供应受水区城市生活、工业和环境用水为主，兼顾农业、航运和其他用水，缓解受水区用水紧张状况，促进生态环境改善和经济社会长期平稳发展；经营范围包括主营工程建设、供水，兼营与供水有关的发电、航运、旅游、投资等，负责项目的投融资管理。
东线公司认真履行职责，积极探索公益性调水工程的经营模式，维护、管理、经营东线主体工程，努力实现南水北调东线安全、平稳、高效运行。
