根据浙江省区域经济社会和水利行业发展对科技创新的重大战略需求，确定研究所的研究方向为：“水生态修复”和“水资源优化配置”，并建立相应的科研支撑平台。
科研支撑平台包括：由“瓯江流域生态水利研究基地”和“水生态与水资源工程技术中心”组成的内部平台；由“水利智能装备与系统联合研究中心”、“河湖健康评价与生态修复联合研究中心”和“水工程仿真联合研究中心”组成的外部平台。科研支撑平台设施完善、功能齐全，为内部整合、外部合作等提供有力的支撑。
随着“浙江省院士专家工作站”的获批，研究所在中国水利水电科学研究院王浩院士和北京师范大学杨志峰院士的指导和带领下，在水利、海洋工程科技创新方面发挥特色，积极为学校的学科专业建设、师资队伍建设、人才培养等做好科研支撑，为学校应用技术型本科建设贡献力量。
