但是人工湿地在实际运行方面仍然存在许多问题，主要包括低温季节污染去除率低、填料易堵塞和溶氧供给不足等。具体如下：在气温较低的季节，当湿地水温低于4 ℃时，微生物活性基本处于最低状态甚至休眠，加上植物干枯，湿地出水水质较差，难以达到设计出水水质要求。堵塞问题被视为湿地运行维护过程中最大难题，水体中有机负荷和悬浮固体是湿地系统堵塞的最主要贡献者，高有机负荷可以加速微生物代谢，产生更多污泥，而过高的总悬浮固体浓度则可直接积聚造成填料堵塞，通过曝气反冲洗等手段可以降低或避免湿地堵塞。另外，填料粒径也被视为影响堵塞的重要原因，孔径较大的填料可有效地延迟堵塞现象的发生。湿地系统溶解氧供给主要源于大气溶氧和湿地植物泌氧，但由于量小，难以满足有机物降解、氨氮硝化等需求，采取相应措施提高溶解氧利用水平是改善湿地污染去除效果的重要途径。
目前太阳能利用主要分为2 方面: ①利用光热效应，即把太阳光的辐射能转换为热能，用于加热或保温; ②利用光伏效应将太阳辐射直接转变为电能储存于蓄电池，应用于其他领域。在污水处理领域，太阳能的光催化、光伏加热和光伏发电等成功用于淡水生产、污水净化及资源回收等。
光催化降解污染物是太阳能污水处理中运用最为广泛的技术。光催化也能够与其他污水处理技术相结合。光伏加热的基本原理是通过太阳能辐射收集，转换成热能加以利用，辅助污水处理系统保温。光伏发电具有发电效率高、功率大、占地小和布置灵活等优点，根据光线采集方式不同，可分为槽式、塔式、碟式、菲涅尔式光热发电系统，其中槽式是目前技术最成熟、应用最广泛的技术。有研究申请了农村人工湿地的太阳能供电专利，计划利用太阳能发电系统解决偏远山区和农村污水处理站无常规电网、用电难等问题，在节约资源的同时为农村污水的湿地净化处理提供可靠的清洁能源。
太阳能光热和光电效应能解决湿地系统低温处理效率下降、溶解氧供给不足和堵塞等问题。将太阳能利用与湿地工艺相结合，探讨提出太阳能湿地保温和湿地供氧及防堵技术，能够为农村生活污水高效处理提供新的技术支撑。太阳能湿地保温技术：采用太阳能光热效应储存能量，在低温季节和夜间为湿地系统供热保温，能够提高湿地填料吸附滞留、微生物新陈代谢和植物组织吸收污染物效率。太阳能湿地供氧及防堵技术：太阳能光电效应为湿地供氧和防堵塞提供了技术可能。利用太阳能供电驱动湿地填料内部布置曝气管或曝气头，既能提高湿地溶解氧可利用率，还能够氧化降解有机物，预防因有机物积累导致的堵塞。对已堵塞物，还可利用气流破坏淤积物，再生湿地填料内孔隙和污染去除性能。
为了推动太阳能湿地技术在实际工程中的应用，今后还需进一步提高太阳能光热和光电生成和储存技术、降低太阳能装置成本，提高其经济技术效益。
