建立长江保护与绿色发展研究院是学习贯彻习近平总书记“共抓大保护、不搞大开发”战略思想的重要体现，得到了江苏省人民政府、中国三峡集团的大力支持和水利部、教育部的关心指导。长江保护与绿色发展研究院的战略定位：一是面向国家长江保护和绿色发展的重大战略需求，建设流域保护和绿色发展的高端智库，服务长江经济带建设；二是瞄准国际科技前沿，对接国家创新发展战略，整合科研平台优势，集聚人才资源，加强基础研究、科技开发和学科建设，搭建国家级科技创新平台；三是加强产学研用结合，大力促进科技成果转化，支撑流域经济社会高质量可持续发展。秉承“创新、协调、绿色、开放、共享”的发展理念，面向流域保护与绿色发展的科学问题和国家战略需求，长江保护与绿色发展研究院设立有水生态与环境、水资源可持续利用、水工程技术、岸线保护与绿色航道、智慧水利和绿色发展战略等六个研究中心。
长江保护与绿色发展研究院坚持开放、流动、联合的运行机制，充分发挥水文水资源与水利工程科学国家重点实验室、水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心、水科学水工程国际联合研究中心、全球变化与水循环国际联合实验室、水利部应对气候变化研究中心、江苏长江保护与高质量发展研究基地等国家级、省部级科研平台优势，不忘初心，砥砺前行，开拓创新，努力实现在流域保护与绿色发展领域国内一流、国际上有重要影响的科技创新平台和高水平咨询服务机构的发展目标。
