| 姓 名： | 杨云锋 |
| 所在单位： | 生态学教研所 |
| 职 称： | 正高级 |
| 邮寄地址： | 清华大学环境学院 |
| 办公电话： | 010- 62784692 |
| 电子邮件： | yangyf@tsinghua.edu.cn |
| 办公地点： | 环境节能楼925室 |
教育背景
1996. 8 – 2003. 1 美国Albert Einstein College of Medicine生物专业，博士
2000. 1 – 2002. 5 美国City University of New York计算机专业，硕士 (第二学位)
1991. 9 – 1996. 7 中国科大生物系，学士
工作履历
2011.01-现在 清华大学环境学院，教授
2010.09-2011.01 清华大学环境科学与工程系，教授
2006.03-2010.09 美国橡树岭国家实验室生命科学部，研究员（staff scientist）
2006.08-2009.12 美国DENISON 大学，兼职教授（part-time professor）
2003.02-2006.03 美国橡树岭国家实验室环境科学部，博士后
教学：
本科课程Course BIOL325: Genetics (2007-2009)
本科课程Course BIOL201: Cell and Molecular Biology (2006)
学术兼职
Applied and Environmental Microbiology 杂志编委（2012-至今）
美国能源部 SBIR/STTR 项目评审（2007-2010）
International Journal of Functional Informatics and Personalised Medicine 杂志编委（2007-2009）
研究领域
科学类（70%）
1. 与全球气候变化相关的环境微生物群落结构、多样性、功能的解析和调控
2. 生物功能基因网络的构建和解析
工程类 （30%）
1. 应用环境微生物的油气矿藏勘探新技术
2. 污水、固废处理处置的微生物过程研究
3. 生物能源、污染场地生物修复的微生物资源开发和基因工程改造
研究概况
近年主持或者参与主持的科研项目：
1. 冻土带天然气水合物微生物勘查技术子课题（中国科技部863项目，2012-2015）
2. 环境多因子对温带草原土壤微生物群落结构的影响（国家基金委面上项目，2012-2015）
3. 基于宏基因组学技术的工程系统微生物群落特征研究（国家重点实验室自主项目，2011-2013）
4.能源部生物能源中心梭菌遗传工程项目（美国能源部GTL项目, 2007 – 2012)
5. 杨树–微生物相互作用项目，分离微生物和遗传工程开发子课题（美国能源部GTL项目2009 – 2012）
6. 土壤微生物分布、转移过程中细胞胶结的定量分析子课题 (美国能源部ERSP exploratory项目2010 – 2011)
7.对重金属污染的地下水中分离和筛选功能微生物项目，分离微生物子课题（美国能源部ERSP项目，2007 – 2010）
8. 系统生物学方法理解植物抗旱性机理项目，功能基因组学分析和生物网络构建子课题（美国橡树岭国家实验室LDRD项目，2007 – 2010）
9. 合成气-醇类转换细菌的遗传工程开发（美国橡树岭国家实验室LDRD项目，2007 – 2010）
10. 食品生产过程中检测沙门氏菌的新型技术（Mars, Inc. 资助项目和美国橡树岭国家实验室Seed money项目2009 – 2010）
11. Shewanella Federation 还原金属分子机制子课题（美国能源部GTL项目，2006 – 2008）
12. 生物能源梭菌的遗传工程开发（美国橡树岭国家实验室Seed money项目, 2006 – 2007）
学术成果
发表文章：
近五年论文引用次数300余次，H指数为11。
1. Y. Deng, Y. Jiang, Y. Yang, Z. He, F. Luo and J. Zhou (2012), Molecular Ecological Network Analyses BMC Bioinformatics 2012, 13:113
2. Y. Li, T. Tschaplinski, N. Engle, C. Hamilton, M. Rodriguez, J. Liao, C. Schadt, A. Guss, Y. Yang and D. Graham (2012), Combined inactivation of the Clostridium cellulolyticum lactate and malate dehydrogenase genes substantially increases ethanol yield from cellulose and switchgrass fermentations, Biotechnology for Biofuels 5:2
2.J. Zhou, L. Wu, Y. Deng, X. Zhi, Y. Jiang, Q. Tu, J. Xie, J. D. Van Nostrand, Z. He and Y. Yang (2011), Reproducibility and Quantitation of Amplicon Sequencing-based Detection. ISME J 5: 1303-1313
3.W. Higashide, Y. Li, Y. Yang and J. Liao (2011), Metabolic Engineering of Clostridium cellulolyticum for Production of Isobutanol from Cellulose, Applied and Environmental Microbiology 77(8): 2727-2733
4.J. Zhou, Y. Deng, F. Luo, Z. He and Y. Yang (2011) Phylogenetic Molecular Ecological Network of Soil Microbial Communities in Response to Elevated CO2, mBio 2(4): e00122-11
5.Y. Yang, L. A. McCue, A. B. Parsons, S. Feng and J. Zhou (2010), Thetricarboxylic acid cycle in Shewanella oneidensis is independent of Fur and RyhB control. BMC Microbiology 10:264
6.C. Hemme, Y. Yang, J. Zhou et al., Sequencing of Multiple Clostridial Genomes Related to Biomass Conversion and Biofuel Production (2010). J. Bacteriol. 192(24): 6494-6496
7.H. Gao, S. Barua, Y. Liang, L. Wu, Y. Dong, S. Reed, J. Chen, D. Culley, D. Kennedy, Y. Yang, Z. He, K. Nealson, J. Fredrickson, J. Tiedje, M. Romine, J. Zhou (2010), Impacts of Shewanella oneidensis c-type cytochromes on aerobic and anaerobic respiration, Microbial Biotechnology 3(4): 455-466
8.X. Zhang, Z. Zhang, Z. Zhu, N. Sathitsuksanoh, Y. Yang and P. Zhang (2009), A Highly-Active Family 48 Cellobiohydrolase from Clostridium phytofermentansISDg: Heterologous Expression in Escherichia coli and Bacillus subtilis, Characterization, and Processivity. Appl. Microbiol. Biotechnol 86(2):525-533
9.Y. Yang, D. P. Harris, F. Luo, W. Xiong, M. Joachimiak, L. Wu, P. Dehal, J. Jacobsen, Z. Yang, A. V. Palumbo, A. P. Arkin and J. Zhou (2009), Snapshot of Iron Response in Shewanella oneidensis by Gene Network Reconstruction, BMC Genomics 10:131
10.Y. Yang (2009) Use of Genomic DNA as Reference in DNA Microarrays, Methods Molecular Biology, Vol. 544, chapter 29.
11.Y. Yang, M. Zhu, L. Wu and J. Zhou (2008) Assessment of Data Processing to Improve Reliability of Microarray Experiments Using Genomic DNA Reference, BMC Genomics 9(S2):S5.
12.Y. Yang, D. P. Harris, F. Luo, L. Wu, A. B. Parsons, A. V. Palumbo and J. Zhou (2008) Physiological and Transcriptomic Analyses to Characterize the Function of Fur and Iron Response in Shewanella oneidensis, BMC Genomics 9(S1):S11.
13.F. Luo, Y. Yang, J. Zhong, H. Gao, L. Khan, D. K. Thompson and J. Zhou (2007) Constructing Gene Co-expression Networks and Predicting Functions of Unknown Genes by Random Matrix Theory, BMC Bioinformatics 8:299. (co-first author)
14.F. Luo, Y. Yang, C. Chen, R. Chang, J. Zhou and R. Scheuermann (2007) Modular Organization of Protein Interaction Networks, Bioinformatics 23(2):207-214.
15.M. Zhu, Q. Wu, Y. Yang and J. Zhou (2006) A New Approach to Identify Functional Modules Using Random Matrix Theory, Annual IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology 1:117-123.
16.F. Luo, J. Zhong, Y. Yang, R. Scheuermann and J. Zhou (2006) Application of Random Matrix Theory to Biological Networks Physics Letter A 357(6): 420-423.
17.F. Luo, J. Zhong, Y. Yang and J. Zhou (2006) Application of random matrix theory to microarray data for discovering functional gene modules, Physical Review E. 73, 031924.
18.S. D. Brown, M. Martin, S. Deshpande, S. Seal, K. Huang, E. Alm, Y. Yang, L. Wu, T. Yan, X. Liu, A. Arkin, K. Chourey, J. Zhou and D. K. Thompson (2006) Cellular Response of Shewanella oneidensis to Strontium Stress, Applied and Environmental Microbiology 72(1), 890-900.
19.Y. Yang and U. T. Meier (2003) Genetic interaction between a chaperone of small nucleolarribonucleoprotein particles and cytosolic serine hydroxymethyltransferase, Journal of Biological Chemistry 278(26), 23553-23560.
20.Y. Yang, C. Isaac, C. Wang, F. Dragon, V. Pogacic& U. T. Meier (2000) Conserved composition of mammalian box H/ACA and box C/D small nucleolarribonucleoprotein particles and their interaction with the common factor Nopp140, Molecular Biology of the Cell 11, 567-577.
21.C. Isaac, Y. Yang& U. T. Meier (1998) Nopp140 functions as a molecular link between the nucleolus and coiled bodies, Journal of Cell Biology 142, 319-329.
申请专利、注册软件：
美国专利appln. No. 12/233,806 Methods for targeted mutagenesis in biomass-degrading bacteria.第一发明人
美国专利appln. No. 61/150,097 Transformation of Gram Positive Bacteria by Sonoporation.第一发明人
