2017年12月至2018年3月，审计署对长江经济带11省市[包括云南省、四川省、贵州省、重庆市、湖北省、湖南省、江西省、安徽省、江苏省、浙江省、上海市，(统称11省)2016年至2017年生态环境保护相关政策措施落实和资金管理使用情况进行了审计，重点抽查了59个地级市(区)。
审计发现的污染治理方面存在多个问题。报告显示，长期持续整治的洞庭湖、鄱阳湖等5个国家重要湖泊，由于统筹治理不到位等原因，2017年的水质仍为IV类及以下。
截至2017年底，9省有118座敏感区域的城镇污水处理厂未按国家要求达到一级A排放标准。因污水处理能力不足、管网损坏等，6个省2017年有2.24亿吨污水未有效收集处理或直排入河。
此外，3个省的9个垃圾填埋场或焚烧厂超负荷运行;2个省132处无防渗措施的非正规垃圾堆放点未完成清理;5个省的20个垃圾填埋场或中转站产生的285.75万吨渗滤液排入城市管网或周边水体，还有197万吨渗滤液积存场内。7个省的48家单位未按规定存储、转运或处置危险废物，4个省的6家单位未按规定处置医疗废物。
除了污染治理，审计报告还指出了生态环境保护相关资金大量结存、资源开发和生态保护方面存在的问题。审计署有关部门负责人介绍，有的地区小水电无序开发，强度过大，过多地考虑经济利益而对生态保护重视不够，对生态环境产生了一定的负面影响。
对于审计查出的问题，记者了解到，目前有关部门正在组织对小水电过度开发问题进行专项整改，相关地方对违规占用岸线等问题已制定整改措施，淘汰10蒸吨以下(含)燃煤锅炉275台，关闭或拆除9个饮用水水源地保护区范围内的建设项目，有关单位已收回部分财政资金。
