环境与生态学院成立于2011年3月，是在原海洋与环境学院的环境学科和生命科学学院的生态学科基础上整合组建起来的学院。“学院虽新，但学科历史悠久”，我院的生态学科可追溯至1922年，环境学科可追溯至1982年。
经过多年建设，环境科学为国家重点学科，生态学和环境工程为福建省重点学科。2017年9月，我院的生态学入选国家“双一流”建设学科。根据ESI统计，我校环境与生态学科从2012年起进入全球排名前1%，2019年最新位次率已提升至前0.431%。
学院平台及支撑体系建设成效颇丰，拥有近海海洋环境科学国家重点实验室（和海洋与地球学院共建）、滨海湿地生态系统教育部重点实验室和4个省级科研平台（福建省海陆界面生态环境重点实验室、福建省滨海湿地保护与生态恢复工程技术研究中心、福建省水环境健康与安全协同创新中心、福建省海岸带污染防控重点实验室）。2019年8月，获批建设台湾海峡海洋生态系统教育部野外科学观测研究站，目前已被推荐申报国家野外科学观测研究站。
学院以培养开拓、创新、国际型本硕博、博后人才为中心，为环境美好、生态文明提供广泛社会服务；以滨海湿地、海岸带、流域的环境、生态及科学管理研究为重点，为保护与修复、合理利用、防灾减灾服务。特别是在研究方面，瞄准全球变化和人类活动等多重压力下近海－流域与湿地生态系统演变机制的重大科学前沿，同时针对国家与地方对近海－流域－湿地生态安全和防灾减灾的重大需求。本学科群（环境与生态学科）以亚热带水域生态系统(流域－河口－近海)和滨海湿地生态系统为主要研究对象，主攻水域和湿地生态系统与环境演变过程与机理及其生态环境效应，建立生态系统水平的海陆统筹管理的理论体系，同时大力发展环境工程、生态工程和环境评价等相关应用类学科的发展。
学院拥有建筑面积为2万平方米的大楼，为学院的科学发展和人才培养提供了良好的教学科研条件和发展空间。
