处机关设办公室、党群工作部、运行维护部、工程管理部、计划财务部、人力资源部、技术设备部、安全保卫部、工会（退管办）9个部门，共设有江心洲污水处理厂、仙林污水处理厂、管线管理所、闸站河道管理所、排水监测站、给排水工程公司6个基层单位。主要负责全市污水管道、污水泵站、雨污合流泵站和部分雨水管道、雨水泵站以及市管水闸、内秦淮河截流沟等排水设施的运行维护，并负责江心洲污水处理厂和仙林污水处理厂的运行。同时，承担部分排水工程的建设任务。
南京市排水管理处成立于1978年，属差额拨款的事业单位，原隶属于南京市市政公用局。2010年大部制改革，原南京市市政公用局撤销，现排水管理处隶属于南京市城市管理局。2004年，因市政管养体制改革，排水处原承担的行业规划、行业执法、行业考核、城区防汛、排水许可等行业管理职能剥离。
