该专项基金重点支持重点流域水污染防治、水质较好江河湖泊生态环境保护、饮用水水源地环境保护、地下水环境保护及污染修复、城市黑臭水体整治、跨界跨省河流水环境保护和治理、国土江河综合整治试点等相关工作。
2015年专项资金规模增加至130亿元，其62.7亿元用于湖泊生态环境保护，1.8亿元用于辽河水环境综合整治项目，5.5亿元用于国土江河综合整治试点，50亿元用于《水十条》其他任务落实，预留10亿元用于应对水污染突发事件。
所谓国土江河综合整治试点，是财政部、环保部、水利部今年5月联合印发的《关于开展国土江河综合整治试点工作的指导意见》确定的新试点。
该试点将重点围绕调查评估与能力建设、水资源节约与集约利用、水土污染源综合治理、流域生态保护与修复、河湖防洪减灾等内容，按照试点先行、实施方案编制、协议签署、资金安排、项目实施、绩效评价六大步骤开展工作。目前国家已在东江流域和滦河流域两地开展试点。
以下为政策原文：
为贯彻落实党的十八大、十八届三中、四中全会和习近平总书记系列重要讲话精神，按照全面深化改革的总体部署,为大力推进生态文明建设、优化国土空间开发格局，财政部、环境保护部、水利部（以下简称三部）决定以流域为单元，开展国土江河综合整治试点工作。现提出指导意见如下：
一、总体要求
（一）指导思想
认真贯彻落实党的十八大、十八届三中、四中全会精神和习近平总书记系列讲话精神，遵循“节水优先、空间均衡、系统治理、两手发力”的新时期治水方针，以流域为单元，统筹解决流域水资源、水环境、水生态、水灾害等问题，搭建国土江河综合整治平台，推进流域资源环境的综合治理与协同保护，实现河畅水清、一江安澜、人水和谐和永续发展。
（二）基本原则
问题导向。科学评估流域资源环境承载能力和生态安全状况，深入分析流域水资源、水环境、水生态和水灾害等方面存在的问题，抓住关键症结，有针对性地设计目标和综合整治路径，部署治理任务。
系统治理。提高对“山水林田湖生命共同体”的认识，统筹流域内各种自然生态要素，发挥规划的控制和引领作用，综合考虑上下游、左右岸、干支流、地表地下、城市乡村、工程措施与非工程措施，系统解决水问题。
多元共治。贯彻执行涉水相关法律法规，建立区域联动、上下联动、部门联动的协作体系，形成政府统领、企业施治、市场驱动、公众参与的协同共治格局，提高治理能力和治理水平。
创新机制。加强监测、调度、预警平台建设和信息共享，推动实施流域生态补偿，完善国土江河综合整治长效机制。加强财政政策整合统筹，集中安排，形成合力。推行政府和社会资本合作模式，建立稳定、多元的投入机制。
二、主要内容
（一）调查评估与能力建设
开展流域资源、环境、生态状况等调查评估，对流域内的相关问题进行梳理。完善流域监控体系，搭建流域内综合监测预警与调度管理信息化共享平台，加强对流域资源环境的动态监控，落实最严格水资源管理制度，建立健全综合整治制度体系。
（二）水资源节约与集约利用
全面强化水资源节约集约利用，统筹安排农业、工业和生态用水，推广节水设施和节水技术，大力发展节水灌溉。优化用水结构，淘汰高耗水的落后产能，提高水资源利用效率与效益。实施节水灌溉、引调水、水系连通工程和重点水源工程（含中水回用以及雨洪利用工程）等项目。
（三）水土污染源综合治理
加强饮用水源保护，优先削减和消除现存及潜在的污染源和风险源，保障公众饮水和用水安全；加大产业结构调整和污染源治理力度，严格控制入河湖污染负荷，促进河湖水质改善。实施点源、面源、内源、移动源等污染治理，饮用水水源地达标和规范化建设等项目。
（四）流域生态保护与修复
恢复和保障流域生态健康，维护流域生态系统的完整性和生态结构的稳定性，保障河流生态流量和湖泊生态水位。加强河湖用途管制，强化岸线保护。实施水体生境改善、河湖滨岸缓冲带生态整治、河流生态保育、流域湿地生态修复、流域水源涵养与水土保持、污染场地修复、入河排污口综合整治、地下水治理与修复等工程。
（五）河湖防洪减灾
加强江河湖泊防洪薄弱环节建设和山洪灾害防治，完善防洪减灾体系，提高流域和区域防洪减灾整体能力，保障人民生命财产安全。实施河道综合整治、防洪枢纽建设、河口整治、山洪灾害防治和应急抗旱水源建设等工程。
三、实施步骤
（一）试点先行
综合考虑流域重要性、问题代表性、目标可达性和地方工作基础等因素，选择少数跨省界的流域开展试点。根据财政部、环保部、水利部联合印发的《关于启动国土江河综合整治试点实施方案编制工作的通知》（财建便函〔2014〕90号），第一批启动东江流域和滦河流域试点。其他具备条件且有积极性的省份可在做好前期工作的情况下申请开展综合整治工作。
（二）实施方案编制
对试点流域，三部门组织专家组对相关省份编制的实施方案进行技术指导，各省份对本省实施方案进行修改完善后，由省级财政、环境保护、水利部门联合上报三部。专家组汇总编制试点流域总体实施方案并组织相关省修改本省实施方案，经三部组织评审后批复。相关省份根据总体目标任务细化分解年度目标任务，组织编制本省年度实施方案，经专家组技术指导后，由省级财政、环保、水利部门联合印发，并将印发的年度实施方案及项目报三部备案。
（三）协议签署
对纳入试点的流域，依据印发的试点流域总体实施方案，三部联合与相关省份人民政府签署协议，明确目标任务，落实责任。对于试点流域总体实施方案明确开展省际横向生态补偿的，相关省份签署横向生态补偿协议。
（四）资金安排
试点工作应立足于通过现有资金渠道,加大资金统筹力度，既形成资金合力，又避免交叉重复。地方应创新投融资机制，鼓励采用政府和社会资本合作模式。在方案实施期内，中央财政专项给予支持，资金分年度下达到省份，采取定额补助、绩效考核并按考核结果进行奖惩的方式。各省份结合项目特点，统筹做好资金安排，资金使用应严格遵守各专项项目资金管理办法。
（五）项目实施
对于实施方案确定的项目，各省份应明确前期工作程序，按照有关规定做好项目前期工作。严格项目管理，明确实施主体，实行项目法人责任制、招标投标制、建设监理制和合同管理制等制度，加强资金使用、建设管理，保证工程质量与安全。试点项目完成后，要及时组织项目验收。
（六）绩效评价
三部联合制定国土江河综合整治试点工作绩效评价办法，对试点流域相关省份开展绩效考核。考核结果较好的，予以适当奖励；考核结果差的，采取收回资金、取消试点资格等惩罚措施。
四、保障措施
（一）建立组织协调机制
试点工作由财政部、环境保护部、水利部共同组织指导协调。三部与试点省份建立省部际联席制度，及时了解试点工作进展，会商解决试点过程中存在的主要问题，部署安排相关工作等。省级人民政府对本省份试点工作负总责，组织建立工作领导小组，建立财政、环保、水利与相关部门协调机制，明确部门分工，落实部门责任。
（二）加强专家技术指导
按照《关于成立专家组对国土江河综合整治试点工作进行技术指导的通知》要求，专家组负责对试点工作进行技术指导。专家组以中国环境科学研究院、水利部水利水电规划设计总院为主要技术支撑单位。
（三）加强项目实施监管
地方各级财政、环保、水利部门要加强对试点项目资金的管理。建立健全监管制度，强化监督检查，重点对资金到位及使用、工程进度、工程质量、建设管理等情况进行监督检查，确保资金使用效益。财政部驻相关省份财政监察专员办事处要加强对试点资金使用、现有资金统筹等工作的监督检查。
（四）加大信息公开力度
各级财政、环保、水利部门根据信息公开有关规定，通过政府网站及时公开实施方案、资金安排、项目进展、绩效评价等信息，接受社会监督。
国土江河综合整治试点工作事关国家重大改革，事关国计民生，试点省份要高度重视此项工作，着眼于全局和长远可持续发展，积极推动实施，勇于探索出一条中国特色国土江河综合整治道路，维护国土江河安全。
