长江委水文局曾专门选取长江和汉江武汉段，开展了水利与环保部门之间水环境监测情况的对比分析。结果显示，两部门水样采集方法及样品预处理基本一致，所采用的评价标准和评价方法一致，总体上监测结果无显著差别。但是，双方在同一河流存在重复监测，监测断面布设位置及垂线布点存在较大差别；所采用的分析标准由于仪器设备配置差异，所采用的分析标准有些项目存在差异，监测精度有差别；此外，环保部门将粪大肠菌群排除不参与评价，造成最终水质类别评价结果有时差别较大。
“现有监测体系难以满足新时代共抓长江大保护的新要求。”长江委有关方面认为，统筹规划、整体联动，加强部门间、区域间合作，实现各种监测资源的最优化配置，加快建立长江流域综合监测体系，已成推进共抓长江大保护战略的迫切需要。
据不完全统计，目前长江全流域有各类水文站点291117处。近年，长江委依托水文站点，在统筹开展长江水量水质泥沙水生态综合监测方面，按“共建共管共享”模式，先后与南京和上海的多部门合作，建成“南京大胜关水质自动监测站”、“上海徐六泾水文平台水质自动监测站”，已取得相应成效。
