安徽省主要河流分属淮河、长江、新安江三大水系。北部宿县地区境内，有一小部属废黄河，一小部属沂沭泗流域的复兴河水系。其中淮河水系6.69万平方公里（包括废黄河470平方公里、复兴河163平方公里），长江水系6.6万平方公里，钱塘江水系6500平方公里。

淮河发源于河南省桐柏县的桐柏山，大体自西向东流，经过河南省南部、安徽省北部、江苏省北部，至江苏省江都县三江营注入长江，河道全长1000公里。流域西以河南省西部的伏牛山脉与黄河的支流伊洛河流域及长江的支流汉水流域分界；北以从河南省郑州至兰考的黄河南堤和从兰考到废黄河口的废黄河南堤与沂沭泗流域分界；南以桐柏山脉、大别山脉及通扬运河、东串场河与长江中下游北岸的汉水、皖河、巢湖、滁河等水系分界；其中安徽省6.69万平方公里，占35.8%。淮河安徽段，处于淮河中游，上自豫、皖交界的洪河口起，下至皖、苏交界的洪山头止，河道长度430公里。

长江发源于青藏高原唐古拉山脉主峰各拉丹冬雪山西南侧，沱沱河为其正源，流经通天河、金沙江，至四川省宜宾市汇入干流。宜宾以下至入海口通称长江，从源头流经青、藏、滇、川、鄂、湘、赣、皖、苏、沪等十省市（区），全长6300公里。长江安徽段处于长江的下游，干流河道自鄂、皖交界处段窑起，向东流经安庆、铜陵、芜湖、马鞍山等主要城市，至皖、苏交界的驻马河口驷马山引江水道口止，长416公里，流域面积6.6万平方公里。主要支流有华阳河、皖河、枞阳河、裕溪河、得胜河等。沿江主要湖泊左岸有龙感湖、大官湖、泊湖、武昌湖、菜子湖、白荡湖、黄陂湖和巢湖等，巢湖是安徽省最大的湖泊，水面面积达７８４平方公里，水深４～５米；右岸有七里湖、升金湖、丹阳湖、南漪湖、石臼湖和固城湖等。主要支流有属鄱阳湖水系的南宁河、龙泉河；直接入江的有尧渡河、黄湓河、秋浦河、九华河、青通河、顺安河、黄浒河?荻港河?、漳河、青弋江、水阳江等。境内长江江面宽阔，一般在２公里左右，流量充沛，终年不冻，堪称中国的黄金水道；

新安江以率水为正源，从源头起流经祁门、屯溪、歙县，至皖、浙省界街口，注入新安江水库，出库后汇入钱塘江，皖境江道长242公里。两岸支流众多，具山区河流特征，源短、坡陡、流急，各河集水面积除横江、练江大于1000平方公里外，其余均在100～500平方公里范围，左岸有横江、练江、棉溪、昌源、大洲源等；右岸有小源河、新岭水、兰水、汊河水、琅河、桂溪、贤源河、街源河等。

钱塘江发源于安徽省黄山，流经安徽、浙江二省，河流全长688千米，流域面积5.56万平方千米，年均流量442.5亿立方米。新安江与兰江是钱塘江的源头，于上海市南汇区和宁波市、舟山市嵊泗县之间注入东海。