陈吉宁说，未来，环保工作的重中之重是要改革环境治理制度，提升环境治理能力，把生态环境保护的顶层设计和改革蓝图具体化为路线图和施工图。
他提出的首要任务是，加强环境法治建设，坚持依法保护环境。“中国的环境保护工作越来越需要宏观政策，而保持宏观政策有效性的基础是法治化，使守法成为常态。” 陈吉宁说，这既是依法治国的必然要求，也是环境治理的改革方向。
陈吉宁说，法治化的任务，包括健全环境法律体系以及严格执行法律。通过法律的完善和执行，让环境违法行为受到应有处罚，促进建立规范和公平的市场竞争秩序。
预防是环境保护的首要原则，包括划定生态红线、实施战略环评、完善环境标准以及资源能源总量与强度双控制度等措施。陈吉宁说，通过生态红线的划定，守住生态环境安全的底线;通过强化战略和规划环评，发挥对区域重大生产力科学布局的导向和约束作用;通过完善环境标准体系，包括强化地方的环境标准，引导和推动企业技术创新、转型升级;通过控制总量和控制单位生产总值能耗、水耗、建设用地强度，全面节约和高效利用资源能源，减轻污染排放，促进环境治理。
就改革环境治理基础制度，推进环境质量改善。陈吉宁的想法是，要建立覆盖所有固定污染源的企业排放许可证制度，改革环境影响评价等有关管理制度，形成有效衔接、运行顺畅、简便高效的管理制度体系;要建立污染防治区域联动机制，实行统一规划、统一标准、统一环评、统一监测、统一执法，提高环境治理的整体性和有效性;要健全环境保护的市场体系，引入第三方治理环境污染，向社会开放部分环境监测项目。此外，还要建立健全用能权、用水权、排污权、碳排放权初始分配制度和交易市场。推广绿色信贷，支持设立绿色发展基金。建立上市公司环保信息强制披露机制，在环境高风险领域建立环境污染强制责任保险制度。建立健全评价考核和责任追究制度，研究建立绿色发展指标体系，制定生态文明建设目标和评价考核办法，完善生态补偿机制。逐步建立地方领导人员自然资源资产离任审计制度，对造成生态环境损害的企业，探索建立赔偿制度。对在生态环境保护中失职、渎职的党政领导和工作人员，实行严格的责任追究制度。
陈吉宁提出，要改革环境监管方式，提升监测监管执法能力。“从今年开始，将对省级党委和政府及其有关部门开展环保督察巡视，推动地方党委政府落实保护生态环境的主体责任。”他说，实行省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度，从体制机制上解决一些地方政府重发展、轻环保和有法不依、执法不严、违法不究的问题。同时，要适度上收生态环境质量监测事权，建立全国统一的实时在线环境监控系统，到2020年，全国生态环境监测网络基本实现环境质量、重点污染源、生态状况监测全覆盖，各级各类监测数据系统实现互联共享。
陈吉宁要求，健全环境信息公开制度，建立健全环境保护网络举报平台和制度，促进公众监督企业的环境行为，让每个人成为保护环境的参与者、建设者、监督者。
