中国水产科学研究院最早的研究所成立于1947年，之后陆续按照海区、流域和专业布局建立了其他研究所。1978年，经国务院批准正式建院。伴随着改革开放和渔业大发展，我院综合实力不断增强，目前已发展成为学科齐全、布局合理、在国内外具有广泛影响力的国家级水产科学研究机构，成为我国渔业科技的国家队和主力军，共设有渔业资源保护与利用研究、渔业生态环境研究、水产生物技术研究、水产遗传育种研究、水产病害防治研究、水产养殖研究、水产加工与产物资源利用研究、水产品质量与安全研究、渔业装备与工程研究、渔业信息与经济研究等10个学科领域。全院现有3个海区所、4个流域所、2个专业所、4个增殖站以及院机关共14家法人单位。
目前，全院拥有中国工程院院士2名，“国家高层次人才特殊支持计划”、“百千万人才工程”国家级人选、“创新人才推进计划”等高层次专家95人，现代农业产业技术体系首席科学家4人，岗位科学家68人，设有院级科技创新团队97个。全院共有各类科技平台近160个，包括：国家联合实验室、OIE参考实验室等国家级平台9个，部重点实验室、台站等省部级平台75个，院实验室、工程中心等院级平台28个，国家级种质库1座、大中型调查船8艘、试验基地38个。占地总面积7400亩。
