流域水体的流动具有跨区性甚至跨国性，而水污染防治的属地行政监管的区域性局限，可能造成上游排污、下游遭殃和上游造福、下游享福等权利义务不均衡和结果不公平的现象，危及流域社会的稳定。
构建流域污染防治的区域联动体制，目的是平衡上下游的利益，协调上下游的行为和行动，预防重大污染事故的发生，填补受害或者付出的利益，以最有效的手段和最低的成本实现流域生态环境的保护。
我国一些地方开始探索流域污染防治的区域联动体制，创新了区域联动机制。有必要在国家层面构建流域污染防治的区域联动体制。我国流域水环境保护事关重大。
目前，重点流域总人口约7.75亿，占全国56.5%，其中，城镇人口约3.45亿；面积约308.8万平方公里，占全国32.2%。流域水体的流动具有跨区性甚至跨国性，而水污染防治的属地行政监管具有区域性，若缺乏统一的权利义务、均衡的责任机制和交互的配合体制，忽视统筹水体的流域性和管理的区域性，就会出现上游排污、下游遭殃和上游造福、下游享福等权利义务不均衡和结果不公平的现象，危及流域社会的稳定。
在法治的年代和建设生态文明的时代，为了长效地保护流域水体环境，促进环境公平，应当建立流域污染防治的区域联动体制、制度和机制。从法理上说，上游的侵害与下游的受害之间的利益平衡、上游的付出和下游的收益之间的利益平衡以及上下游之间行为的相关性，决定了上下游必须协同起来治理污染、改善生态。
国际经验已表明，在一个有效的组织管理权威之下，共同的行为责任、共同的利益诉求、最小的代价和最大的生态效益，决定了流域污染防治的联动体制、制度和机制的建立是有效的。
国家层面法律对流域水污染联合防治的规定
2008年修订的《水污染防治法》对流域水污染联合防治的体制、制度和机制做了原则性规定，如第5条规定了水环境保护目标责任制和考核评价制度；第7条规定：“国家通过财政转移支付等方式，建立健全对位于饮用水水源保护区区域和江河、湖泊、水库上游地区的水环境生态保护补偿机制。”第8条规定了水环境包括流域水环境的监管体制；第12条规定了省界水环境质量标准的制定；第15条规定了流域和行政区域的水污染防治规划；第26条规定了流域水环境监测的体制和机制；第28条规定了跨行政区域的水污染纠纷解决体制和机制；第56条规定了跨行政区域的水源保护协商和裁决机制。
此外，《水法》对流域水环境容量的确定、2007年的《突发事件应对法》对水污染事件的跨区域应急防治，也作了规定。
2012年环保部、国家发改委等四部委联合出台了《重点流域水污染防治规划(2011-2015年)》。规划提出了流域污染防治统筹、流域协商、跨行政区断面水质考核、区域水污染机制处理、流域产业结构调整、流域农业和养殖业规划等区域联动体制和机制，并要求流域所经各省级政府探索流域省际环境保护合作框架，建立定期会商制度和协作应急处置机制，形成治污合力；积极推进跨界河流水污染突发事件的双边协调机制与应急处理能力建设。
一些地方开始探索流域污染防治区域联动体制
由于法律和国家规划的层次高，具有综合性，上述规定和部署比较原则，不系统，难以为现实中错综复杂的流域水环境监管提供可操作的制度和机制。因此，在法律和国家规划的指导下，一些地方结合现实的流域水环境保护工作需要，探索建立了统筹的流域污染防治的区域联动体制，创新了区域联动机制。
如为进一步加强淮河、巢湖流域水污染防治，切实改善水环境质量，安徽省政府出台了《关于重点流域水污染防治规划(2011—2015年)的实施意见》，意见要求增强环境监察执法能力，完善环境风险防范制度，建立流域上下游应急响应的联动体制和机制。
湖北省2014年1月通过的《湖北省水污染防治条例》也对流域污染防治的联动体制、制度和机制做了规定，创新力度很大，如第13条针对区域生态补偿规定：“省人民政府应当根据主体功能区规划和生态保护的目标以及区域间经济社会发展水平，建立健全对饮用水水源保护区和江河、湖泊、水库上游地区以及有关重点生态功能区的水环境生态补偿机制，推动地区间建立横向生态补偿机制。”第23条针对产业布局和规划规定：“县级以上人民政府应当根据水污染防治规划和区域环境承载能力，依法划定畜禽养殖的禁养区和限养区，并向社会公布。”
2013年4月，广西自治区环保厅和广东省环保厅联合签署两省区跨界河流水污染联防联治协作框架协议，建立了珠江流域上下游水环境联防联治管理、跨行政区交界断面水质达标管理、省区污染事故应急协调处理等合作机制。该协议特别强调跨界环境污染纠纷处理的沟通和协调，如约定当发生跨省(区)界环境信访、污染纠纷或因环境问题引发群体性事件时，双方应及时组织开展调查处理工作，并互通情况。
2013年10月，福建晋江南安两市签署跨境流域水环境污染联防联治工作协议。此外，江苏等省试点实施了排污权有偿使用、生态补偿等环境政策，河南省焦作市对流域水环境质量的行政区域考核和补偿做了规定。
建立国家层面流域污染防治区域联动体制
每个流域的地理地貌和社会经济条件不同，每个地方的人文环境不同，因此地方试点具有地方特色。要想在全国试点，既应找出各地成功试点的普遍性一面，也应甄别出各地试点的特色性一面，供制定全国性的流域污染联防联治指导性文件参考。
为使全国的流域污染防治实现区域联动的要求，有必要探寻出我国流域污染联防联治体制、制度和机制的实际不足和实际需求，系统地分析我国立法和规划存在的不足，总结和梳理地方的创新举措，参考国外的相关经验，在国家层面构建流域污染防治的区域联动体制、制度和机制。
构建流域污染防治的区域联动体制、制度和机制，目的是平衡上下游的利益，协调上下游的行为和行动，预防重大污染事故的发生，填补受害或者付出的利益，以最有效的手段和最低的成本实现流域生态环境的保护。
国家层次的联动体制、制度和机制的建立，具有普遍适用的特点，既应放眼宏观和长远，也要立足基础和基层，以保障流域水环境安全为目标，以流域—控制区—控制单元三级分区体系为框架，以水功能区限制纳污红线为依据，以污染物总量减排为抓手，以规划项目为依托，以政策措施为保障，综合运用工程、技术、生态的方法，构建统一规划、统一规范、统一协调、统一责任、统一监测、统一监管、统一应急和统一服务的流域污染防治区域联动体系，实施重点流域水污染综合防治战略，努力恢复江河湖泊的生机和活力，促进流域经济社会的可持续发展。
以八个统一为内容构建流域污染防治区域联动体制
在统一规划方面，应当在国家《重点流域水污染防治规划(2011-2015年)》的指导之下，在共同的上级人民政府的协调下，制定各省级、市级和县级流域污染防治规划；小流域的污染防治规划应当与中流域的污染防治规划相协调，中流域的污染防治规划应当与大流域的污染防治规划相协调。如果可能，国家应出台《水污染防治行动计划》，各流域沿岸人民政府应联合出台相应的行动计划。
在统一规范方面，应当在共同的上级人民政府的主持下，建立流域内统一的水环境质量环境评估和治理验收规范、水环境监测规范、水环境保护信息平台；在《水污染防治法》、《物权法》、《侵权责任法》的框架下，制定本行政区域的流域水污染防治联动规范性文件，明确联动的目的、原则、体制、制度、责任追究等问题；统一市场准入条件，统一规定落后的设备、工艺淘汰标准和程序；建立统一的上游对下游的水污染补偿标准及下游对上游的水环境改善补偿标准；建立补偿和财政转移支付的方法和程序。
在统一协调方面，应当在共同的上级人民政府领导下，建立由各行政区域分管负责人参加的流域水污染防治领导小组，领导小组下设若干个工作组，建立领导小组的议事规程和各工作组的规范规程。在共同的上级人民政府主持下，各行政区域签订流域水环境保护责任书和配合流域联动治理的责任书，使协调机构成为一个真正的责任机构和行动机构；建立统一的流域水污染物排放交易与污染责任保险制度，统一协调各行政区域产业结构和产业布局，形成环境友好型的产业结构和布局。对于发生的区域纠纷，应当通过协调机制或者共同的上级人民政府予以协调解决。
在统一责任方面，应当在共同的省级人民政府主导下，核算流域的环境容量，分配各行政区域和各行业的水污染排放总量；跨界断面水环境质量超标的，上游应当按照统一的标准，支付污染损害补偿；水环境质量明显改善的，下游应当按照统一的标准支付生态收益补偿；若发生跨区域水污染事故，应发挥其他行政区域的监督作用，建立责任追究的区域监督机制，使区域联动责任真正得到落实。
在统一监测方面，应当在共同的省级人民政府主导下，按照统一的监测要求、监测方法、监测标准，组建统一的流域水环境监测网络；网络的数据应共享和实时，处于上级环境保护监管部门的监管之下；监测的数据应当向社会公布，应当统一编制流域水环境质量状况公报；在事故应急时，应当按照规定报送预警信息。
在统一监管方面，各行政区域应当在一个牵头机构的协调下，建立规划、环保、城建、水利、工信等部门流域治理联席会议制度和联合执法制度；各行政区域之间应当按照统一的要求，建立相互衔接的机构职责体系；在共同的上级人民政府组织下，各行政区域应当建立统一的联动执法核查机制、统一的跨界环境污染纠纷处理沟通和协调机制、统一的上访调查处理程序和联合调查机制；对存在的问题和获取的信息，应当建立统一的信息公开与发布机制；对发现的违法现象，应当按照法律规定公开透明地予以处理，在全流域形成严格执法的氛围。必要时，可以邀请媒体、社会组织和公民作为观察员参加会议和有关活动，发挥社会的监督作用。
此外，在统一应急方面，应当建立健全统一的流域和区域内水污染联动预警机制、联合应急演练机制、联合应急机制和环境修复机制等。
在统一服务方面，应开展水环境保护宣传教育，为社会提供水环境保护知识咨询服务等。
