广东省科学院微生物研究所(原广东省微生物研究所)前身为中科院中南真菌研究室，于1964年5月19日经国家科委批准成立，1972年改为广东省微生物研究所，隶属于广东省科学院，2021年1月更名为广东省科学院微生物研究所。依托研究所，广东省微生物分析检测中心于1999年经广东省编办批准成立。现有员工446人，在读博士和硕士研究生166人，在站博士后13人。其中专业技术人员414人，博士101人，硕士110人。具有正高级职称30人，副高级职称33人。已建成由中国工程院院士、国家“万人计划”科技创新领军人才、国家百千万人才工程入选者、国家优秀青年基金获得者、“珠江人才计划”青年拔尖人才、广东“特支计划”杰出人才、科技创新领军人才和青年拔尖人才等为领军科学家的六大研究中心，在微生物应用基础研究、行业共性关键技术创新及科技服务、微生物高技术成果转移转化方面，研究所己成为国内领军科研机构。
作为具有热带亚热带区域特色与优势的微生物学专业科研机构，广东省科学院微生物研究所面向国家和广东省社会经济发展对微生物学的重大需求，长期重点致力于具有热带亚热带特色的微生物资源、微生物与生态环境、食品安全及健康等相关基础、应用基础及公益性研究，开展为支撑生物技术相关行业可持续发展的共性关键技术研究及储备性前沿技术探索;形成了资源微生物学、环境微生物学、分析微生物学和霉腐微生物学等四大国内优势学科，具备硕、博士研究生培养能力，拥有博士后科研工作站。依托研究所建成了华南应用微生物国家重点实验室、国家专利菌种保藏机构—广东省微生物菌种保藏中心、国家广州化学品生态环境安全评价服务中心、国家生物产业基地公共实验中心、广东省菌种保藏与应用重点实验室、广东省微生物安全与健康重点实验室、广东省微生物应用新技术公共实验室、广东省微生物芯片工程技术研究中心、广东省环境微生物工程技术研究中心、广东省抗微生物材料与抗菌检测工程技术研究中心、广东省微生物资源工程技术研究中心、广东省饮用水安全应急技术研究中心以及华南地区最大(全国第二大)的大型真菌标本馆等一大批国家和省部级科技创新平台。目前，研究所是国家微生物种业产业技术创新战略联盟理事长单位、中国食品科学技术学会副理事长单位、中国食用菌协会副会长单位，是广东省微生物学会、广东省食用菌行业协会、广东省生物技术生产力促进中心的挂靠单位。
建所五十多年来，研究所在科技创新、行业共性关键技术与科技服务，以及科技成果转移转化等方面取得了显著成绩。在科技创新方面，先后承担了国家重点研发计划、国家“973”计划、国家“863”计划、国家重大科技攻关、国家科技支撑、国家基金重点项目、国家基金重大研究计划、国家生物高新技术产业化示范工程、国际合作、广东省基础与应用基础重大专项、省重点领域研发计划、省重大重点科技攻关、省应用型科技研发专项以及科技援藏等国家和省部级科技项目。共取得科技创新成果157项，其中国际先进、领先水平的81项;获得国家及省部级成果奖118项，其中国家级成果奖8项、省部级一等奖19项;共申请专利840件，授权专利343件，其中发明专利320件。2010年被认定为“广东省知识产权示范事业单位”和“全国企事业知识产权试点单位”，2020年通过科研机构知识产权管理体系认证;主持和参与国家、行业、地方和团体标准的制修订工作152个，其中国家标准项目76个;在国内外核心学术刊物发表论文2700多篇，出版科技专著46部。获“十一·五”国家科技计划执行优秀团队奖。
依托研究所建设的广东省菌种保藏与应用重点实验室成立于1987年，于2000年、2003年、2006年和2010年连续四次被评为广东省优秀重点实验室;广东省微生物安全与健康重点实验室于2020年获批组建。华南应用微生物国家重点实验室成立于2009年，2013年通过科技部论证(其中2009-2013年为培育期)，主要研究方向为“热带亚热带微生物资源多样性与利用、环境微生物与区域生态安全、有害微生物监测与防控”。目前实验室拥有实验面积11000平方米，包括公共实验室、大型仪器室、菌种保藏库、华南微生物资源中心(含标本库)、环境微生物实验室、微生物检测与控制实验室、霉腐微生物实验室、食药用菌生理功能及分子机理实验室、工业化前期实验室及动物实验技术公共服务平台等;拥有10万元以上各类仪器设备261台套，原值1.17亿元，其中30万元以上设备127台套，原值9176万元，包括液相色谱-超高分辨蛋白鉴定质谱联用系统(Thermo QE Plus)、液相色谱串联四极杆高分辨质谱联用仪(Thermo QE Fucus)、高通量基因测序仪(Illumina Nextseq 550、Illumina Miseq等)、细胞能量代谢分析仪、流式细胞仪、透射电子显微镜、扫描电子显微镜、激光共聚焦显微镜、原子力显微镜、分子相互作用仪、数字PCR系统、微生物电解呼吸仪、气相色谱仪、电感耦合等离子体质谱仪、高速冷冻离心机、全自动微生物鉴定系统等，整体仪器设备达到国际先进水平，以上实验室及设备完全具备基因组学、蛋白组学、代谢组学及转录组学等多组学的研究能力。
