中心设有5个职能部门和8个研究部门，1个二级事业单位，1个所属公司。中心现有在职职工130余人，拥有一支专业结构合理、年富力强的专业研究和咨询队伍，其中66%具有高级以上专业技术职称，49%拥有博士学位，一批中青年研究人员逐渐成为水利政策研究和决策咨询工作的骨干。
中心是水利部水利政策法制人才培养基地。中心学术委员会由具有丰富研究经验和较高研究水平的专家组成，对研究工作进行学术把关与业务指导。中心聘请特约研究员154名，来自全国各省（自治区、直辖市）水利（水务）厅（局）、各流域机构及高等院校。中心设立博士后科研工作站1个。中国水利经济研究会和中国水利学会水利政策研究专业委员会、水利水电信息专业委员会挂靠中心。中心组织出版的《中国水利发展报告》（中、英文版）已成为权威的水利行业发展报告，《水利水电技术（中英文）》为“双核心”期刊，《水利发展研究》是水利政策研究领域具有重要影响力期刊。
近年来，中心发挥综合性水利政策研究机构的优势，在习近平总书记治水重要论述、水资源管理、节约用水、水利工程建设管理、河湖管理、农村水利、水土保持等领域取得一系列重要研究成果，获得有关领导、专家和业内人士的肯定，并得到实际应用，为水利高质量发展提供了重要支撑。
