目前，经开区通过宝象河流域普照水质净化厂、马料河流域倪家营污水处理厂及再生水厂，实现全区范围内生活污水与工业污水的收集处理与再生利用。配套有污水管网234.8千米，再生水管网150千米。
根据《昆明经济技术开发区滇池保护治理三年攻坚行动实施方案》，2018年到2020年，经开区计划投资超过5亿元，完成普照水质净化厂、倪家营水质净化厂二期改扩建及极限脱磷降氮工程。3年期间，每年计划投资1500万元，共计为普照水质净化厂新增配套再生水管网30千米;计划投资3500万元，实施普照水质净化厂(第十二污水处理厂)挖潜增效改造工程，新建碳源投加间1座、聚合氧化铝液槽罐池1座，改造原有生化池2座，改造滤布滤池4套，于2019年完成工程建设。
