内蒙古境内分布着数千条河流和近千个湖泊，根据其河川径流排泄条件的不同，可分为外流和内流两大水系。大兴安岭、阴山和贺兰山是内、外流水系的主要分水岭。
一、外流水系
内蒙古外流水系自东而西有额尔古纳河、嫩江、辽河、滦河、永定河、黄河等6个水系，总流域面积61.34万平方公里，占全区总面积的52.5%，主要汇入鄂霍次克海和渤海。
1、额尔古纳河水系
额尔古纳河水系位于内蒙古呼伦贝尔市，由额尔古纳河干流、上源海拉尔河以及支流哈拉哈河、乌尔逊河、克鲁伦河、木得那亚河、根河、得尔布干河、激流河等组成。河流全长1606公里，其中额尔古纳河干流是中俄两国界河，右岸属我国呼伦贝尔市境内，流域面积15.77万平方公里。额尔古纳河是黑龙江的上游，上源海拉尔河发源于大兴安岭西侧的吉鲁契那山麓，向西经乌尔其汗镇、牙克石市、海拉尔市，至阿巴盖堆以下称额尔古纳河，河流折向东北到大司洛夫卡河口与左岸俄罗斯的石勒喀河汇合后称黑龙江，最终注入太平洋水域的鄂霍次克海。河流全长970公里，是中俄两国界河。
海拉尔河是额尔古纳河的上游。位于呼伦贝尔市的西南部，自东而西纵贯呼伦贝尔高原的中部。发源于大兴安岭西麓吉鲁契那山，干流长708公里，流域面积5.42万平方公里。河水清澈。主要支流有库里多尔河、特尼河、莫尔格勒河、免渡河、伊敏河等。
伊敏河是海拉尔河支流。发源于大兴安岭蘑菇山北麓，自南向北流经呼伦贝尔市鄂温克族自治旗，穿过海拉尔市区北入海拉尔河，河长390公里，流域面积2.27万平方公里。伊敏河上游红花尔基以上为山地林区，红花尔基以下河流进入丘陵草原区。伊敏河主要支流有辉河、维纳河、苇子坑河、锡尼河等。
克鲁伦河是额尔古纳河支流。位于呼伦池的西南部，发源于蒙古国肯特山东麓，在中游乌兰恩格尔西端进入我国，流经呼伦贝尔市新巴尔虎右旗，东流注入呼伦池。河流全长1264公里，在我国境内长206公里，区间流域面积7153平方公里。
哈拉哈河是额尔古纳河支流。发源于大兴安岭南部吉里革先山西麓的达尔滨湖。河流东南向西北流，河长399公里，是中蒙界河。呼伦贝尔市境内流域面积8736平方公里。到额布都格卡附近河道分2支，一支直接汇入乌尔逊河，一支注入贝尔湖。主要支流有罕达盖河、胡鲁斯台河。
乌尔逊河是额尔古纳河支流。发源于贝尔湖和沙尔勒金河，北流注入呼伦池，河长223公里，流域面积1.05万平方公里。
根河是额尔古纳河支流。发源于大兴安岭伊吉奇山西南侧，自东北向西南流经根河、额尔古纳二市，于额尔古纳市四卡北注入额尔古纳河，河长428公里，谷宽1～2公里，流域面积1.58万平方公里。主要支流有伊图里河、依根河、库力河等。
得尔布干河是额尔古纳河支流。发源于根河市得耳布尔镇北上游岭附近，由东北流向西南，于河口附近与哈乌尔河汇合后注入干流，河长273公里，流域面积0.68万平方公里。
激流河是额尔古纳河支流。发源于大兴安岭西麓的三望山，河长468公里，流域面积1.59万平方公里，在额尔古纳市田登科附近汇入额尔古纳河。处于大兴安岭西北坡原始森林区。主要流经地区有根河、额尔古纳二市。主要支流有金河、阿龙山河、敖鲁古雅河、安格林河等。
2、嫩江水系
嫩江干流是内蒙古与黑龙江、吉林两省的界河，右岸支流主要分布在内蒙古，由甘河、诺敏河、阿伦河、雅鲁河、绰尔河、洮尔河、霍林河等众多支流组成。嫩江水系河流全长1369公里，流域面积24.34万平方公里，其中在内蒙古境内流域面积15.32万平方公里。
嫩江嫩江水系干流，松花江北源。发源于大兴安岭支脉伊勒呼里山南坡，南北纵贯呼伦贝尔市东部，经过嫩江市、莫力达瓦旗尼尔基镇、齐齐哈尔市，在三叉河的附近与第二松花江汇合后称松花江。
甘河是嫩江支流，发源于大兴安岭东侧沃违其山麓。干流流向西北－东南。主要流经呼伦贝尔市莫力达瓦达斡尔族自治旗、鄂伦春自治旗。河长1188公里，流域面积1.97万平方公里。主要支流阿里河，长124公里，流域面积2183平方公里，
诺敏河是嫩江支流。发源于大兴安岭岭西，河长441公里。在呼伦贝尔市莫力达瓦达斡族自治旗尼尔基镇附近分两支岔注入嫩江。流域面积2.55万平方公里，较大的支流有毕拉河，长229公里。
阿伦河是嫩江支流。发源于大兴安岭的博克图腰梁子附近，河长344公里，流域面积6126平方公里。流域形状为窄长方形，具有河流短和分布均匀的特点。主要流经呼伦贝尔市阿荣旗境内。下游于成吉思汗边堡以下流入黑龙江省境内。
雅鲁河是嫩江支流。发源于大兴安岭东侧博克图附近光头山，河长388公里，主要流经内蒙古牙克石市和扎兰屯市，在黑龙江省龙江县东入嫩江。流域面积1.91万平方公里，其中内蒙古境内1.46万平方公里，有阿木牛河、济沁河、罕达罕河、卧牛河等主要支流。下游经常移动，遗有很多旧河道、牛轭湖和沼泽地，并有砂砾层分布。扎兰屯城北的秀水吊桥
绰尔河是嫩江支流。发源于大兴安岭顶部石门子站附近，河长552公里，流域面积1.73万平方公里。主要流经牙克石、扎兰屯2市和兴安盟扎赉特旗，东南流到与黑龙江省交界处注入嫩江。流域面积大部属内蒙古，仅下游右岸局部地区属黑龙江省。河谷窄深，两岸支流密布且分布均匀。
霍林河是嫩江支流。发源于通辽市扎鲁特旗罕山西麓，经霍林郭勒市、兴安盟科尔沁右翼中旗，进入吉林省境内，水流逐渐扩散消失。干流全长590公里，流域面积为2.78万平方公里，其中内蒙古境内1万余平方公里。
3、辽河水系
位于内蒙古境内的西辽河流域是辽河水系的右上源，由老哈河、西拉木伦河、西辽河干流等河流组成，河流全长830公里，流域面积13.88万平方公里。主要支流有新开河、教来河、乌力吉木伦河。
老哈河是西辽河南源。发源于河北省七老图山脉的光头山，流经赤峰市东南部，在翁牛特旗与奈曼旗交接处与西来的西拉木伦河汇合后称西辽河。全长425公里，流域面积3.31万平方公里。主要支流有八里罕河、坤都冷河、英金河、羊肠子河等10条，均系长年流水河。
西拉木伦河蒙古语意为黄色的河。西辽河北源。发源于大兴安岭山地赤峰市克什克腾旗红山北麓白槽沟。古称潢水、饶乐水、吐护真水等。河道长380公里，流域面积3.22万平方公里。主要支流有查干木伦河、少郎河、响水河等。河水夹带黄沙。
西辽河由老哈河与西拉木伦河汇合口苏家堡至辽宁省康平县二道河子的河段称西辽河，西辽河在康平县二道河子与东辽河汇合称辽河，辽河最终泄入渤海。西辽河干流长403公里，平均比降为1/2500。河谷两岸发育着一级阶地与河漫滩，宽广的阶地构成西辽河冲击平原。
新开河是西辽河水系一级支流。河流自西拉木伦河台河口分流后，经通辽市开鲁县和科尔沁左翼中旗，在英窝与西北来乌力吉木伦河汇合后，至小瓦房归入西辽河，全长378公里。是1950年内蒙古政府重新整理西拉木伦河古河道而形成的河流。河流两岸为宽广的西辽河平原，是通辽市主要灌溉农业区和平坦草牧场，沿河两岸还建有他拉干、都西庙等旁侧平原水库。
教来河是西辽河水系一级支流。发源于赤峰市敖汉旗西南奴鲁尔虎山，在通辽市科尔沁区王家窝铺与西辽河汇合，河流全长559公里，流域面积1.49万平方公里。平均河床宽约300米，常年流水，可灌溉两岸农田数十万亩。
乌力吉木伦河蒙古语意为吉祥的河。西辽河水系一级支流。发源于赤峰市巴林左旗北部的巴颜乌兰峰，汇集横河、乌兰达坝河、干支嘎河、浩尔吐郭勒河、沙里河等河流，经赤峰市阿鲁科尔沁旗和通辽市扎鲁特旗，于通辽市科尔沁左翼中旗的英窝与西北来的新开河相会归入西辽河，水质良好。河流全长598公里，流域面积3.34万平方公里。
4、滦河水系
滦河水系古名濡水。发源于河北省丰宁县，由南向北流入沽源县，称闪电河。至内蒙古正蓝旗上都镇折向东，称上都河。入多伦县后，至查干敖包东，慧温高勒自北来汇，始称滦河。经小菜园出境复入河北省丰宁县。较大支流有慧温高勒、乃仁高勒、吐鲁根河、羊肠子河等。河道蜿蜒曲折。在内蒙古境内，河流全长254公里，流域面积0.69万平方公里。
5、永定河水系
内蒙古境内的永定河水系属永定河北支洋河和南支御河的上游部分，流域面积5600平方公里。洋河发源于乌兰察布市兴和县，其主要支流有后河、银子河。御河发源于乌兰察布市丰镇市，主要支流有饮马河。
6、黄河水系
黄河水系在内蒙古境内由黄河干流和较大的支流大黑河、浑河、纳林川、乌兰木伦河、悖牛川、红柳河、都斯图河以及昆都仑河等组成。
黄河干流自宁夏回族自治区的石嘴山流入内蒙古，经乌海市、巴彦淖尔市、包头市、呼和浩特市的托克托县，至鄂尔多斯市准格尔旗马栅出境，全长843公里。
大黑河是黄河支流。由干流和大庙沟河、五贝滩河、石人湾河、小黑河等主要支流组成,流域面积1.37万平方公里。干流发源于乌兰察布市卓资县十八台镇梁顶，往西经卓资县、旗下营，至陶卜齐折向西南，经美岱、三两等地，于托克托县河口镇附近注入黄河，河长236公里。
浑河是黄河支流。由干流和古力半吉河、清水河等支流组成,流域面积0.25万平方公里。河流发源于山西省平鲁县，在长城的杀虎口附近进入呼和浩特市和林格尔县，自东向西径清水河县，于岔河口附近注入黄河，河长200公里，是一条典型的山溪性的多泥沙河流。
纳林川、乌兰木伦河分属于黄河支流黄甫川、窟野河的上游，皆发源于内蒙古鄂尔多斯高原东侧的山地丘陵区。纳林川河长72公里，在其东侧有十里川平行南流，于陕西省麻镇附近汇入黄甫川而注入黄河，在内蒙古境内流域面积0.29万平方公里。乌兰木伦河（红河之意）长63公里，在其东侧有悖牛川平行南流，于陕西省神木县境内汇合后称窟野河而注入黄河，在内蒙古境内流域面积0.47万平方公里。
萨拉乌苏河又称红柳河，系黄河中游无定河支流的上游。由萨拉乌苏河及其支流海流图河、纳林河组成，流域面积0.75万平方公里。红柳河发源于陕西省萨拉乌苏定边县，在二层河台流入内蒙古鄂尔多斯市最南部的乌审旗境内。
都斯图河是黄河支流。发源于鄂尔多斯市鄂托克旗察汗淖尔镇，向西经鄂尔多斯高原，于内蒙古与宁夏交界处注入黄河。河长166公里，宽50～100米，流域面积0.42万平方公里，无支流汇入。
二、内流水系
内蒙古内流水系分布比较零星，自东而西有达里诺尔、乌拉盖尔河、查干诺尔、黄旗海、岱海和高原西部的塔布河、艾不盖河、额济纳河等水系，皆系无尾河，河川径流均消失于各自封闭的湖盆或洼地内；总流域面积11.41万平方公里，为全区总面积的9.8%。
1、乌拉盖尔河水系
乌拉盖尔河水系是内蒙古最大的内陆河水系。由乌拉盖尔河干流及其主要支流色也勒吉河、宝日嘎斯太河、音扎干河、高日罕河、巴拉格尔河以及伊和吉仁高勒河、锡林郭勒河等河流组成，其流域面积约6.88万平方公里。
伊和吉仁高勒河锡林郭勒高原上的河流。发源于赤峰市克什克腾旗境内的大兴安岭西麓，由南向北流至东乌珠穆沁旗额和宝拉格苏木境内消失，在其东侧有支流巴嘎吉仁高勒河平行北流，于西乌珠穆沁旗巴彦高勒苏木境内注入伊和吉仁高勒河。
锡林郭勒河锡林郭勒蒙古语意为高原上的河。发源于赤峰市克什克腾旗境内的大兴安岭西麓，纵贯锡林浩特市中南部。上游东西流向，处于丘陵地带，河谷宽1公里，库尼苏曼以下为中下游，河水折向北流，河谷宽2～5公里，形成河间盆地，间有沼泽，至锡林浩特市巴彦宝拉格苏木查干淖尔消失。
2、查干诺尔水系
查干诺尔水系主要包括巴音河和恩格尔河，流域面积0.51万平方公里。巴音河由高格斯台河、灰腾河汇合而成，发源于锡林郭勒盟正蓝旗浑善达克西部沙地东缘，由东南向西北流入锡林郭勒盟阿巴嘎旗境内的查干淖尔湖，河宽3～10米。恩格尔河发源于正蓝旗浑善达克沙地西部，上游狭小，下游河谷宽2～3米，河宽2～5米，向北注入阿巴嘎旗境内的查干淖尔湖。
3、塔布河
内蒙古乌兰察布高原上的内陆河。发源于包头市固阳县东北部南沟村，由西向东流经包头市达尔罕茂明安联合旗，至乌兰察布市四子王旗境内渐向北流，最终汇入呼和淖尔湖。干流全长316公里，流域面积约1.05万平方公里。上游段为山区，谷深40米左右，河槽宽约10～30米，平时呈干河；中游段山地与丘陵相间分布；下游两岸多系台地，是干旱草原，河道中有零星滩地分布。
4、艾不盖河
艾不盖河系乌兰察布高原上的内流河。发源于乌兰察布市达尔罕茂明安联合旗西南的犒劳以根山地，向东流至百灵庙又折向北流，最终归入腾格日淖日湖，全长约205公里，流域面积1.21万平方公里。上游区为山地，河谷宽2公里左右；中游流过丘陵与石山交错地带，河谷宽300～600米；下游先后流经宽阔草甸草原和一片戈壁，河床逐渐消失，河水潜没在淖日湖之中。
5、额济纳河
额济纳河为内蒙古西部荒漠区中的最大河流。位于阿拉善盟额济纳旗境内。发源于青海省祁连山南麓，上游为黑河和弱水，北流入内蒙古境内称额济纳河。额济纳河向北流至狼心山分为西河（木仁高勒）和东河（额木讷高勒），最终分别汇入嘎顺诺尔（居延海）、苏泊诺尔。河长250公里，呈南北流向，弯曲度小。西侧有穆林高勒、赛汗高勒、乌兰艾立格高勒、克列图高勒和巴嘎高勒等5个支流分别汇入嘎顺诺尔（居延海）。东河下游有昂茨河、古尔本汗立河、哈拉素海河、达西敖包河、纳林河等5个支流。河流流经额济纳旗人民政府驻地达来呼布镇。20世纪60年代以后，由于上游来水无保证，加之内蒙古境内又不产流，河流除汛期外很少有水。
