《办法》自2016年3月1日起实施。
《办法》规定，上海市属污水处理设施服务范围内的污水处理费，由市级水行政主管部门负责征收，征收标准及计费方式与原排水费一致；区（县）属污水处理设施服务范围内的污水处理费，由区（县）水行政主管部门负责征收，征收标准及计费方式与本区（县）原排水费保持一致，重点污染单位污水处理费加价标准与原加价标准保持一致。
此外，污水处理费将实行“收支两条线” 管理，纳入政府性基金预算，收费收入由市、区（县）水行政主管部门按照《实施办法》规定分别全额缴入市或区（县）级国库，支出由同级财政部门根据政府性基金预算管理要求和《实施办法》明确的使用范围予以安排。
另，上海市鼓励采取政府与社会资本合作、政府购买服务等多种形式，吸引社会资本共同参与城镇污水处理设施投资、建设和运营。
