协会秘书处内设办公室、会员部、技术部3个部门。协会分支机构设有：水环境治理、大气环境治理、环境监测、环境服务、环境影响评价、核与辐射污染防治、生态保护、大智慧环保、固废处理与资源综合利用、土壤与地下水污染防治10个分会，噪声与振动控制、室内环境控制与健康2个专业委员会，分别开展各专业领域的技术交流等活动。
协会主要开展以下业务：规范行业管理、维护会员合法权益、提供自愿性第三方评价服务、提供培训和咨询服务、提供对外交流合作服务、提供公共信息服务、开展行业统计和调研、推进行业技术创新、承担政府委托服务。
近年来，在四川省生态环境厅、四川省民政厅领导下，在中国环保产业协会的指导下，协会坚持“四服务”宗旨，围绕环境保护中心工作，加强行业管理，发挥桥梁纽带作用，组织会员单位参与环境保护和生态文明建设，环保产业队伍快速发展壮大，推动环保产业有了新的发展。协会主动适应行业发展需要，充分发挥社会团体的优势作用，认真履行各项职能，为全省环保产业的发展发挥了积极作用。
