《方案》提出了10个主要治水措施：全面控制污染物排放、推动经济结构转型升级、着力节约保护水资源、强化科技支撑、充分发挥市场机制作用、严格环境执法监管、切实加强水环境管理、全力保障水生态环境安全、明确和落实各方责任、强化公众参与和社会监督。
《方案》对到2020年、2030年的治理提出了目标——到2020年，全省水环境质量得到阶段性改善，污染严重水体较大幅度减少，饮用水安全保障水平进一步提升，地下水质量维持稳定，近岸海域环境质量稳中趋好，珠三角区域水生态环境状况有所好转。到2030年，全省水环境质量总体改善，水生态系统功能初步恢复。
为保障切实治水，《方案》还首次提出实施跨界水环境补偿。在现行激励型财政机制基础上，按照“超标项目越多、超标程度越高，赔偿额度越大”的原则，以六河流域为重点，于2016年底前建立跨界水环境质量考核激励制度。鼓励有条件的跨县(市、区)河流及跨流域供水开展生态补偿工作。
