中心内设领导岗位6个，1正5副，下设14个部门。中心实有员工350余人（其中事业在岗职工73人），博士14人，硕士68人；正高级工程师16名、高级工程师86名。中心注重高层次专业技术人才队伍建设，现有国家环境监测尖端人才1人，一流专家9人，技术骨干20人；浙江省“新世纪151人才”8人，浙江省职业技能带头人1人。
中心技术力量雄厚，环境监测能力居于全国前列，2014年通过国家监测站标准化建设整体验收，是全国第二个整体通过验收的省份。中心拥有液相色谱-质谱仪、气相色谱-质谱仪等各类大型仪器设备430台套，应急监测车3辆，固定资产值原值4.06亿元。中心建有全国最为完善的环境自动监测系统，其中水质自动监测站155个、环境空气质量自动监测站171个，饮用水源地水质自动监测站88个，环境自动监测数据实时对外发布。中心建有全国领先的环境空气预报预警系统，在G20、世界互联网大会等重大活动空气质量保障中发挥了重要的作用。中心通过国家计量认证和实验室认可，项目涉及12大类486项。此外，中心还建有生态毒理实验室和二噁英实验室（国家二噁英监测中心华东分中心），是中国环境监测总站首批生态地面监测重点站和国家环境标准样品研究所有机标准物质定值实验室。
中心主要承担各类生态环境监测、科研、咨询等工作，满足政府、企业等社会各方对服务性环境监测与咨询的需求，为环境管理制度创新提供科学决策依据，为污染治理行动实施提供技术服务，为各项年度工作考核提供客观的评价，充分发挥了“眼睛”、“耳朵”的作用，为浙江省环境保护工作、生态文明建设作出了积极贡献。
