重庆研究院以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，对标对表习近平总书记提出的“四个率先”和“两加快一努力”要求，围绕国家战略科技力量主力军定位，始终牢记身为“国家队”“国家人”，必须心系“国家事”，肩扛“国家责”，强化使命担当，聚焦主责主业，开拓进取，积极作为，为实现高水平科技自立自强和建设科技强国，不断作出新的更大贡献。
重庆研究院以长江上游生态屏障安全和成渝双城经济圈产业升级发展等重大需求为牵引，发挥在生态环境、智能制造、信息技术领域的多学科交叉优势，布局“河库生态智能化技术”和“碳基光电探测器”作为重点研究方向，设置“边缘智能技术”“空间增材制造”“纳米孔单分子测序”“有机太阳能电池”等新兴前沿方向和未来技术，构建以大数据、智能化为支撑的长江上游国家级绿色智能技术创新平台，为实现国家战略发挥重要科技支撑作用。
重庆研究院聚焦原始创新和战略性技术研发，取得了系列标志性成果。开展人脸识别关键技术研究，研发的人证比对系统广泛应用于机场、银行等若干重要领域；构建针对高维稀疏大数据建模、约简和分析的理论与方法，进行隐语义分析方向研究；开发了宽波段高吸收碳纳米复合材料，已应用于辐射计、光谱仪、航天定标黑体等产品，其光学和空间环境适应性等指标达到国际领先水平，并在风云3号、风云4号气象卫星等型号任务上完成装机应用；开展大面积石墨烯制备技术研究，研发了石墨烯非制冷宽波段红外探测器芯片；以长江上游大型水库为对象，创新了大型水库碳循环监测方法，构建了长江上游大型水库温室气体监测网络，提出了我国大型水电工程碳核算方法；开展空间在轨增材制造技术研究，研发了空间在轨高精度3D打印机；开展可印刷柔性太阳能电池材料及器件技术研究，研发了高效率的高分子太阳能电池；突破传统BOD检测仪器原理，构建基于微生物产电的BODq快速检测体系，研制了自主知识产权的BODq快速测定仪；基于水生态环境关键要素检测、融合领域知识的大数据驱动水生态环境分析等技术，研发了自动监测设备和系统；提出了大气复合污染“空-天-地”立体监测标准建议方案，完成了“空-天-地”多维数据的储存和管理平台，丰富了对西南地区高湿环境下大气二次污染的独有机制的认识；开展三峡水库消落区保护与治理研究，分析三峡水库消落带生态环境问题，构建治理技术创新与绿色发展模式；基于锁相放大技术和PID 反馈控制技术的纳米探针精确操纵技术，成功研制太赫兹近场纳米扫描成像平台；完成了亚细胞衍射极限分辨率双模并行相干层析成像分析仪样机研制和系统软件开发；基于同态加密的隐私计算，实现了分类阶段无交互的具有隐私保护的朴素贝叶斯分类器；突破纳米孔高精度制备技术工艺，研制出具有自主知识产权的纳米孔加工制造仪器，并成功搭建固体纳米孔单分子操控系统，实现4种单碱基DNA分子区分，为保障国家生物安全提供技术储备和核心系统；建设山地智慧柑橘果园，实现农业作业设备无人化智能化控制、智能调度、远程监控、智能柑橘长势分析等功能。
重庆研究院注重成果转化，构建以市场为导向的创新成果快速转移转化模式，创建国家技术转移示范机构。组织实施了大面积单层石墨烯薄膜制备技术、人脸识别技术、BOD快速检测仪技术、先进功率储能器件超级电容等一批科技成果转移转化，共吸引社会投资近10亿元。云从科技集团于2022年4月正式登陆科创板，重庆墨希科技建设了大规模石墨烯薄膜生产线，重庆中科超容开发出额定电压超过3.2V双电层超级电容并实现量产，重庆中科德馨环保生产的BOD-Q水质测定仪实现量产。
2018年4月4日，中国科学院与重庆市人民政府签署共建新型科教创产融合发展联合体战略合作协议，双方携手共建集科研、教育和社会服务“三位一体”的中国科学院大学重庆学院（以下简称“重庆学院”）。重庆学院是中国科学院大学的直属二级学院，受中国科学院大学直接领导，同时接受重庆市教委的归口管理和指导。
重庆学院依托重庆研究院建设，与重庆研究院实行“两块牌子一套人马”，与重庆研究院在管理体制、师资队伍、培养体系、科研工作等方面高度融合。
面向未来，重庆研究院聚焦前沿科学技术，瞄准国家需求，发挥战略科技力量作用，坚持科学研究与人才培养深度融合，培养适应经济社会发展需求的高层次人才；坚持科教促进产业发展，促进科教成果转移转化，为社会经济发展提供科技支撑。
