排水公司现设行政办公室、党群工作部、企业管理部、安全生产部、人力资源部、计划财务部、工程技术部7个部门和管线养护管理中心、闸站运行管理中心、设施维修保障中心3个基层单位。
排水公司作为排水设施专业维护单位,承担着南京主城区排水设施的维护管养、城市防汛排涝、部分排水工程建设等工作。主要负责江心洲、城北、城东、仙林、铁北、桥北6大片区污水收集系统的污水管网、内秦淮河截流沟等排水管道的运行维护管理工作。负责污水泵站、雨污合流泵站、雨水泵站以及市管水闸等排水设施的运行维护管理工作。负责包括中山北路、中央路、中山东路、中山南路、江东中路等主次干道的雨水管道的运行维护和防汛排涝抢险工作。负责排水管网、泵站、闸门的大修及专项工程项目、应急抢险抢修项目的实施工作。负责工程代建委托与管理,工程建设安全、质量及进度等监督检查,工程结算管理,组织竣工验收及移交以及负责处理相关的12345、12319市政热线投诉等工作。
排水公司目前管养的各类雨污水管道共961.77公里,其中雨水(合流)管150.33公里;引水管17.26公里;污水管道794.18公里。负责运行主城区52座雨污水泵站,包含雨水泵站14座,污水泵站35座,引水泵站3座。