公司最初成立于1981年，原名清华大学环境工程研究所，1993年更名为国家环保局清华大学环境工程设计研究院，2009年按照教育部相关规定由全民所有制企业改制为有限责任公司，划转至清华控股有限公司，2013年划转并入清控人居控股集团有限公司。
公司三十多年的发展，逐渐形成了涵盖水处理与水环境综合整治、固体废物处理处置与资源化、环境修复、环境影响评价、环境规划、科研研发等业务领域的环境综合服务团队，为客户提供咨询、设计、设备成套、工程总包、投资及运营管理等环境领域的专业化综合服务和单项服务。
国环清华迄今已完成数千项环境工程的咨询、设计、建设项目，数十项包括水专项在内的国家级、部委和省市的科研项目，获奖无数，其中武汉市金口垃圾填埋场生态修复EPCO项目使武汉市荣获2015年全球城市气候领袖C40大奖。在国家重点关注的黑臭水体、流域/河道治理、海绵城市、场地生态修复等领域，已拥有几十项工程设计、咨询、建设和运营业绩。
